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系統樹ハンターの狩猟記録

源氏香の樹形図

香道の「源氏香」は五つの香りを比べ,同じ香であるかどうかを競う.源氏香の「図」は5本の縦棒を並べて同じ香を横棒で結ぶ.

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出典:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB:Gennji_Kounozu.svg

源氏香は五つの比較だが,系図香では四つ,三種香では三つの間での同様の比較をする. “樹形図” の場合の数は単純な組み合わせ数の計算ですむが,この樹形図はイメージ的には系統推定の合意樹(consensus tree)にそっくりである.

参照)

 1. 源氏香之図 http://www33.ocn.ne.jp/~kazz921/kumiko/genjiko/genjikou.html

 2. 「源氏香」と数学 http://horibe.jp/Genji_Kou.HTM

〈太陽の塔〉内部の「生命の樹」が来年から常時公開

読売オンライン記事

太陽の塔」内部を来年度にも公開…生命の樹(2013年4月30日)

http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20130430-OYT1T00695.htm

記事本文:


1970年の大阪万博のシンボルで、美術家岡本太郎氏(1911~96年)の代表作「太陽の塔」(大阪府吹田市、高さ約70メートル)の内部が2014年度にも万博後初めて常時公開される。  塔内には同時に制作された、生命の進化を表現した「生命の樹」(同41メートル)がそびえ立つ。専門家は「太陽の塔生命の樹は一体の作品。両方を見て初めて、太郎のメッセージを感じることができる」と歓迎している。  塔が立つ万博記念公園を運営する日本万国博覧会記念機構が「当時の雰囲気を味わえる貴重な財産。多くの人に見てほしい」と常時公開を決定。機構は14年3月に廃止され、公園を移管される大阪府が引き継ぐ。  塔内は巨大な空洞で、真っ赤な壁に囲まれ、赤、青、黄、緑に彩られた鋼管をつなぎ合わせた「生命の樹」には、根元から上に向かって単細胞生物や両生類、恐竜、人類に至る約300体(現存は85体)の模型がらせん状に並ぶ。 (2013年4月30日14時35分 読売新聞)


太陽の塔〉の内部に「生命の樹」がつくりこまれていることは「Wikipedia」にも記されている.

西洋ダンス音楽の系譜

The Evolution of Western Dance Music

http://www.thomson.co.uk/blog/wp-content/uploads/infographic/interactive-music-map/index.html

An Interactive Graphic Showing The Evolution of Western Dance Music Over The Last 100 Years in Under 20 seconds 

ひと目見ればわかる情報グラフィクス的音楽系統樹. 〈Map of Metal〉のように “音” があればもっとよかったのに.

 

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「飛び出し坊や」の系統発生と地理的分布

飛び出し小僧の研究-変わりつつあるその姿を求めて-

http://www.kt.rim.or.jp/~naoyom/manager/tobidas.html 

「飛び出し坊や」とは関西を中心に広く分布する交通安全標識キャラクター.京都にもあるとのことなのだが,ワタクシ自身はほとんど記憶にない.フシギに思って調べてみた.「とび太くん誕生秘話」によると,「とび太くん」こと「飛び出し坊や」の生誕地は滋賀県旧八日市市(現・東近江市)で,誕生年は昭和48年(1973年),そして生みの親は同市社会福祉協議会の依頼を受けた看板製作業・久田泰平氏とのこと.

上記サイト〈飛び出し小僧の研究〉では,各地に残存する飛び出し坊やのコレクションを集めるとともに, “原型” からの変遷過程を推論している.

この「飛び出し坊や」は,有名な〈オジギビト集会所〉に蒐集されている「オジギビト」たちと相通じ合うものがある.進化オブジェクトとしての「飛び出し坊や」はかの「オジギビト」に匹敵する!

 

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ビデオ・ゲーム・コントローラー系統樹(Pop Chart Lab)

Pop Chart Lab から新しい系統樹がリリースされた:

The Evolution of Video Game Controllers

http://popchartlab.com/products/the-evolution-of-video-game-controllers 

Zoom-In で詳細を見ることができる.ワタクシはこの種のゲームとは無縁だが,関心のある向きはきっといるにちがいない.

 

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小唄の系統樹

公益社団法人日本小唄連盟の公式ウェブサイトで公開されている「小唄の歴史」のページに,〈小唄歴史年表史〉という “系譜” が掲載されている(→ jpg画像:下記).17世紀にルーツをもつ小唄の “系図” には長唄義太夫・常磐津・清元など数々の祖先型や姉妹型とともに小唄が慶応年間に生じた経緯が描かれている.たいへん興味深い.

 

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第68回日本生物地理学会大会シンポジウム〈チェイン・ツリー・ネットワーク:体系学におけるデータ可視化と情報グラフィクス〉

第68回日本生物地理学会大会シンポジウム → 学会公式サイト

〈チェイン・ツリー・ネットワーク:体系学におけるデータ可視化と情報グラフィクス〉
 【日時】2013年4月14日(日)15:00〜17:50
 【場所】立教大学(池袋),14号館D201号室
 【オーガナイザー】三中信宏農業環境技術研究所東京大学
  → ポスター: [pdf]

演者・演題


【趣旨】

存在物(オブジェクト)の多様性を研究対象とする体系学(systematics)は,生物はもとより,言語・写本・様式・文化などさまざまな構築物を含むオブジェクトに適用できる普遍性をもつ.オブジェクトの多様性を理解しようとするこれまでの試みの中で,さまざまな分類チャートや系統ダイアグラムが用いられてきた.それらを図像学的に見直すことにより,一般体系学におけるグラフィック・ツール(チェイン,ツリー,ネットワークなど)のもつ意義に光が当たる.これらのグラフィック・ツールは,進化するオブジェクトの分類構造と系統関係を考察するための指針を示唆する可能性を秘めている.今回のシンポジウムでは,データ可視化と情報グラフィクスにも通じるこのテーマをめぐって,一般体系学・デザイン論・歴史言語学バイオインフォマティクスの観点から講演と議論を深めることを目的とする.


【講演要旨】

1) 分類と系統:多様性の視覚化と体系化のための図像の役割について
  三中信宏農業環境技術研究所東京大学大学院農学生命科学研究科)

生き物の多様性を研究対象とする分類学と系統学の歴史を振り返ると,生き物に関する知見や情報を「目に見える」ように体系化してきた.生物多様性をその進化や系統にもとづいて論じるようになったのは確かに19世紀以降のことだが,分類や系統を視覚化するためのさまざまな方法,たとえばチェイン(=連鎖)やツリー(=系統樹)あるいはネットワーク(=マップ,チャート)などの図表は,二千年以上前までさかのぼるルーツをもっている.神による被造物を下等な存在から高等な人間へとつながる「惣菜の連鎖」として直線的に図示したのはプラトン以来の伝統だ.進化学と結びつけられて論じられることが多い系統樹もその図像的起源はキリスト教神学から中世スコラ哲学が支配した時代にある.また,過去の博物学者たちが動植物の多様性パターンを表示するために用いた多くのマップやチャートなどの視覚化方法は,けっして生物だけに限定されることなく,言語・写本・様式・文化などさまざまな対象に適用されてきた.これらの分類チャートや系統ダイアグラムを総体として見直すことにより,生物などの対象物と知見を整理として理解するための視覚化ツールのもつ意義と役割を再考察できるだろう.存在の多様性を図示化することは,われわれ人間のもつ直感的な認知的理解能力に頼りつつ,多様性の分類パターンと系統プロセスへの理解を深める機能を果たしている.

2) ヴィジュアル言語としての系統樹のグラフィック・デザイン性
  杉山久仁彦(DWH主宰/多摩美術大学造形表現学部)

思考のための道具としての「図(Diagram)」は文字、数字についで「第三のことば(ヴィジュアル言語)」とも言える。「図」の中でも特に重要な表現形式として「系統樹」がある。それらは「幾何図」や「車輪図」あるいは音の調和を表す「モノコード図」と同様、古いものは(紀元前)から用いられてきた。中世のスコラ文献には興味深い多数の「系統樹」や「車輪図」などが含まれるが、これらスコラ文献の最も顕著な特徴は「区別(distinction)する」ことだった。

ヴィジュアル言語の一形式として過去の「系統樹」を見るとき、その発想の多様さに学ぶものは大きい。「系統樹」といえばまず「家系図」や生物の「進化図」が想起されるが、あらゆる事物や概念は「分岐図」で表現することが可能性だ。過去の「系統樹」は人類の精神史や表現史を辿る研究対象としての価値は高い。

一方、情報デザイン系のクリエーターが(世界的に)「ヴィジュアライゼーション」というテーマのもとに情報を可視化したダイアグラムを(インターネットを通して)続々と公開している。これらの中にもチェイン(=連鎖)、ツリー(=系統樹)、ネットワーク(マップ、チャート)図等の出現頻度は高い。新旧の「系統樹」は実用的な表現と美学的な表現に分類できるが、それらヴィジュアル言語としての「系統樹」の優劣はグラフィック・デザイン性が決め手になる。

3) 歴史言語学における系統樹(とその他の)モデル
  菊澤律子(国立民族学博物館/総合研究大学院大学

歴史言語学において、系統樹モデルは、言語の系統関係を表す主要な表現形式となっている。音対応や共有変化に基づいて推定される、ある意味で抽象的な言語の親縁関係は、「言語系統図」という形で可視化される。一方で、すべての言語変化が系統図の形で表現できるわけではないことは古くから認識されており、波動モデルなどの代替モデルも提示されてきた。近年では、祖語の言語鎖としての性質や分岐グループ特定の不可能性などといった、新しい概念の導入とともに系統樹モデルの限界がさらに強く認識されるようになり、それを補うものとして、横線を組み込んだり、完全に異なるモデルが提唱されたりしてきている。

本講演では、オーストロネシア語族から具体例を引用しつつ以上の状況を示すとともに、歴史言語学において系統樹モデルを用いる意義について、他のモデルにも言及しつつ考察する。とくに、近年のアプローチにおいてモデルそのものの限界とみなされている問題の本質が、伝統的な「比較方法」に基づく巨視的歴史プロセスの観察と、さまざまな言語の記述調査の進展により可能となった微視的歴史プロセスの観察との間に生じるギャップの顕在化にある可能性を指摘し、情報の可視化のメリットと危険性について議論してみたい。

4) バイオインフォマティクスからの系統樹可視化
  岩崎渉(東京大学大気海洋研究所)

ゲノム科学に代表される近年の生物学の長足の進歩は、生物学分野に大量のデータをもたらした。今日もますますその勢いを増しつつあるデータの「奔流」は、生物学全体にわたる私たちの理解を確実に深めつつあるが、その一方で、生物体系学をはじめ生物の探求の様々な場面において本質的な不確実性・曖昧性がつきまとうことを膨大なデータによって改めて浮き彫りにした、とも言えるだろう。バイオインフォマティクス(情報生命科学)は今日ではしばしば漠とした定義のもとに使われる言葉であるが、やや主観的にその精神を述べるならば、一時に把握することが難しい生物学データを過度に単純化せず「なるべくそのまま」に、しかし、人間が理解できる生物学知識へと繋げていくことを特徴とする学問である。ここに、不確実性・曖昧性を持つデータをいかに可視化するか、という研究領域がバイオインフォマティクス分野に生じる所以がある。本講演では、不確実性・曖昧性を持ち単純なツリーやネットワークの形ではうまく可視化することができない体系学知識をどのように可視化するかという問題について、演者らが開発してきた超高速階層的ネットワーククラスタリング可視化法や、ツリーでもネットワークでも無いデータ表現法である車輪樹法について取り上げつつ、バイオインフォマティクスからのアプローチを紹介する。


 

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Pop Chart Lab のインフォグラフィクス集(系統樹・系統ネットワーク)

Pop Chart Lab

http://popchartlab.com/

ビートルズの作品,台所用品,野菜,コーヒーなどなどさまざまなオブジェクトのインフォグラフィクス(曼荼羅?)を製作販売しているサイト.見ているだけで楽しい.

The Genealogical World of Phylogenetic Networks

The Genealogical World of Phylogenetic Networks

http://phylonetworks.blogspot.jp/

このブログを開設しているのは,系統ネットワーク新刊書:David A. Morrison『Introduction to Phylogenetic Networks』(2011年12月刊行,RJR Productions, Uppsala, vi+216 pp., ISBN:9789198009903版元ページ[pdf: open access])の著者.

 

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漫画家の系譜

漫画の部屋

週刊少年ジャンプ・アシスタント系統図

http://www.ktr.to/Comic/assistant.html

 

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昨年出版した『系統樹曼荼羅』に掲載した版は2010年11月7日のタイムスタンプが付いた「Rev5.15」だった.今回公開された最新版は2013年1月1日付けの「Rev5.16」と銘打たれている.系統樹は日々アップデートされているのだ.

麺の系統樹(続)

石毛直道

文化麺類学ことはじめ

(1991年9月17日刊行,フーディアム・コミュニケーション,東京,300 pp., ISBN:4938642034

本書は15年後に文庫化された:石毛直道麺の文化史』(2006年8月10日刊行,講談社[講談社学術文庫・1774],東京,396 pp., ISBN:4061597744版元ページ

この文庫版はすでにもっていたのだが,元本との大きな違いは図版にある.文庫化にともなうサイズ縮小が図版の可読性を下げているのはしかたがないにしても,元本に載っていた多くのカラー図版が文庫版ではすべてモノクロにされてしまっていることに気付いた.麺の系統樹(pp. 212-213)と地理的分布図(pp. 216-217)も元本ではきれいなカラー図版だった.図版入りの本の場合,文庫化の問題点はテキストではなくパラテキストに現れる.

 

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参照:「麺の系統樹

プログラミング言語系統樹の “ノベライズ”

ハムスター速報(2013年3月14日)

プログラミング言語を彼女に例えた文が的確すぎると話題に

http://hamusoku.com/archives/7781886.html 

系統樹曼荼羅』本にも載せたコンピューター言語系統樹Computer Languages History のいわば “ノベライズ” みたいなものかな.続くレスの中に「あの言語がないぞ」という文句が出てくるが,そういう “リア充ノベライズ” が大好きな向きは,上のサイトからコンピューター言語の全系統樹をDLして,ストーリーを自由につくることができるぞ!

パン袋クリップ Occlupanid - “A possibly-fascinating little taxonomy of little fasteners”

Annals of Improbable Research (29 January 2013)

A possibly-fascinating little taxonomy of little fasteners

http://www.improbable.com/2013/01/29/a-possibly-fascinating-little-taxonomy-of-little-fasteners/

パン袋クリップ「Occlupanid」の関連記事.

 

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